Przedmiot do wyboru 1

Elective subject 1

2021L

Kod przedmiotu03S2-PDW1
Punkty ECTS 2
Typ zajęć Wykład
Warsztaty
Przedmioty wprowadzająceTechnologia informacyjna, Biochemia żywności, Analiza i ocena jakości żywności, Analiza instrumentalna.
Wymagania wstępneWiedza na temat peptydów/białek obejmująca kursu z "Biochemii żywności".
Opis ćwiczeń
Opis wykładówPodstawowe pojęcia. Obszar zainteresowań badawczych w zakresie nauki o żywności. Strategie badawcze (Top-down, bottom-up). Spektrometria mas jako podstawowe narzędzie identyfikacji białek (LC-MS, MALDI-TOF, Q-TOF, ESI-Q-TOF i inne). Techniki separacji (chromatografia (HPLC, HPLC-RP), elektroforeza - głównie kapilarna i 2-DE). Narzędzia bioinformatyczne (bazy danych, programy) wykorzystywane do identyfikacji rozdzielonych związków.,ĆWICZENIA LABORATORYJNE:Metody/sposoby przygotowania prób do rozdziału białek i peptydów z żywności. Wykorzystanie narzędzi bioinformatycznych (baz danych i programów) do porównywania sekwencji aminokwasowych i identyfikacji rozdzielonych biozwiazków.
Cel kształceniaOpanowanie podstaw teoretycznych dotyczących proteomiki żywności, w tym wybranych metod w niej wykorzystywanych. Rozwijanie umiejętności i doboru wykorzystania różnych narzędzi bioinformatycznych niezbędnych i wspomagających identyfikację rozdzielanych białek i peptydów.
Literatura podstawowa1) Kraj A., Drabik A., Silberring J., "Proteomika i metabolomika" , t. I, UW (dodruk), 2016, s. 1-558 2) Kraj A., Silberring J., "Proteomika", t. I, EJB, 2004, s. 1-248 3) Nałęcz D., Dziuba M., Szerszunowicz I., "Isolation of oat (Avena sativa L.) total proteins and their prolamin fractions for 2-D electrophoresis." In: Oat - Methods and Protocols. Gasparis S. (ed). Methods in Molecular Biology, t. 1536, Humana Press. Springer Science+Business Media LLC. New York, USA, 2017, s. 225-234 4) Nałęcz D., Szerszunowicz I., Dziuba M., Minkiewicz P., "2-DE separation and identification of oat (Avena sativa L.) proteins and their prolamin fractions." In: Oat - Methods and Protocols. Gasparis S. (ed). Methods in Molecular Biology, t. 1536, Humana Press. Springer Science+Business Media LLC. New York, USA, 2017, s. 235-251 5) Szerszunowicz I., Nałęcz D., Dziuba M., "Selected bioinformatic tools and MS (MALDI-TOF, PMF) techniques used in the strategy for the identification of oat proteins after 2-DE." In: Oat - Methods and Protocols. Gasparis S. (ed). Methods in Molecular Biology, t. 1536, Humana Press. Springer Science+Business Media LLC. New York, USA, 2017, s. 253-270.
Literatura uzupełniająca1) Witkiewicz Z., wyd. WN-T, "Podstawy chromatografii", 2000r., tom I, 153-276s. 2) Johnstone R.A.W., Rose M.E., wyd. PWN, "Spektrometria mas", 2001r., tom I, 1-371s. 3) Autorzy krajowi i zagraniczni, "Czasopisma naukowe"., tom
UwagiĆwiczenia rozpoczną się po zakończonym cyklu wykładów i powinny być realizowane w tzw. małych grupach (12-osobowych). Jednym z warunków zaliczenia przedmiotu jest uczestnictwo w wykładach i zaliczenie treści wykładowych podczas przeprowadzonego kolokwium. Ocena końcowa z przedmiotu stanowi 75%, 15% i 10% ocen średnich kolejno z wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych.