Filogenetyka molekularna

Molecular Phylogenetics

2020Z

Kod przedmiotu1207S2-miFIMO
Punkty ECTS 1,5
Typ zajęć Ćwiczenia
Wykład
Przedmioty wprowadzającegenetyka ogólna, bioinformatyka
Wymagania wstępnebez wskazań
Opis ćwiczeńUliniowanie sekwencji wybranych genomów programami Clustal i Muscle oraz manualna korekta otrzymanego uliniowania. Zapoznanie z podstawowymi programami wykorzystywanymi w analizach filogenetycznych. Określenie optymalnego modelu ewolucji sekwencji. Wprowadzenie do programów Mega i MrBayes. Konstrukcja drzew filogenetycznych, ich testowanie i optymalizacja. Konstrukcja sieci filogenetycznych w oparciu o haplotypy chloroplastowe.
Opis wykładówFilogenetyka- rys historyczny, podstawowe pojęcia z zakresu taksonomii i ewolucji. Typy danych stosowanych w filogenetyce- wady i zalety poszczególnych kategorii markerów. Drzewa filogenetyczne, rodzaje i metody ich otrzymywania. Modele ewolucji i ich znaczenie w filogenetyce. Znaczenie filogenetyki w innych dziedzinach nauki. Współczesne problemy filogenetyki molekularnej. Filogenomika - przyszłość badań taksonomicznych. Filogenetyka człowieka- ewolucja genów człowieczeństwa.
Cel kształceniaPoznanie metod rekonstrukcji filogenezy w oparciu o dane molekularne. Poznanie oprogramowania do tworzenia i rekonstrukcji drzew i sieci filogenetycznych. Umiejętność doboru optymalnych regionów genomu do wykonywanych zadań badawczych. Umiejętność obsługi programów bioinformatycznych służących rekonstrukcji filogenezy. Umiejętność prawidłowej interpretacji otrzymanych wyników w świetle biologii i historii ewolucyjnej badanego obiektu.
Literatura podstawowa1) Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne , t. -, Uniw. Warsz, 2008, s. - 2) Brown T.A., Genomy, t. -, PWN, 2009, s. - 3) Futuyma D., Ewolucja, t. -, Uniw. Warsz, 2008, s. -
Literatura uzupełniająca
Uwagibez wskazań.