Bioinformatyka

Bioinformatics

2018L

Kod przedmiotu1207S2-3miBIOIN
Punkty ECTS 2
Typ zajęć Wykład
Ćwiczenia
Przedmioty wprowadzającepodstawy bioinformatyki, biofizyka, matematyka, informatyka, chemia ogólna, chemia analityczna, chemia organiczna, genetyka, biochemia
Wymagania wstępneObsługa komputera w systemie linux oraz Windows; biegła obsługa internetu, umiejętność przeszukiwania biologicznych baz danych za pomocą słów kluczowych i sekwencji oraz zapisywania sekwencji na dysku; znajomość struktur białek; definicja podstawowych właściwości fizykochemicznych genów i białek.
Opis ćwiczeńWizualizacja i analiza struktury przestrzennej biomolekuł (RasMol, PyMOL, VMD); Pisanie skryptów(RasMol, Python, PyMOL, VBA); modelowanie homologiczne (analiza właściwości sekwencji, przewidywanie motywów strukturalnych na poziomie sekwencji, poszukiwanie homologów, threading i modelowanie (DeepView, Modeller), analiza i weryfikacja modelu).
Opis wykładówWizualizacja molekularna, modelowanie molekularne, szczegółowa instrukcja modelowania homologicznego, podstawy programowania dla biologów, CADD.
Cel kształceniaCelem jest zdobycie poszerzonej wiedzy na temat możliwości komputerowej analizy danych molekularnych oraz zdobycie praktycznych umiejętności na ten temat.
Literatura podstawowa
Literatura uzupełniająca1) Internet oraz materiały własne, tom
Uwagi