Laboratorium zaawansowanych metod biotechnologii molekularnej

Laboratory for Advanced Methods of Molecular Biotechnology

2019Z

Kod przedmiotu1207S2-miLABTM
Punkty ECTS 4,5
Typ zajęć Ćwiczenia
Przedmioty wprowadzającebiochemia, genetyka, biologia molekularna, inżynieria genetyczna
Wymagania wstępneWiedza teoretyczna i praktyczna z zakresu przedmiotów wprowadzających oraz umiejętność obsługi podstawowych urządzeń laboratoryjnych.
Opis ćwiczeńZasady bezpieczeństwa i higieny pracy w laboratorium biotechnologii molekularnej. System mikrodysekcji laserowej - izolacja materiału biologicznego z preparatów mikroskopowych do badań molekularnych. Automatyczne sekwencjonowanie DNA (ABI 3130). Przygotowywanie reakcji sekwencyjnych, analiza uzyskanych sekwencji. Metody przygotowania bilbiotek genomowych. Zapoznanie się z programami do analizy wyników NGS. Assebling sekwencji de novo oraz na genom referencyjny. Poszukiwanie loci mikrosatelitarnych w genomie jądrowym. Analiza danych metagenomicznych. Mikromacierze DNA - różne typy, wybór analizy, hybrydyzacja, skanowanie mikromacierzy oraz analiza uzyskanych wyników. Analiza cytometryczna (zastosowanie cytometru przepływowego do identyfikacji komórek immunokompetentnych we krwi świni domowej, analiza komputerowa uzyskanych wyników). Test immunoenzymatyczny - ELISA. Ekstrakcja proteomu z materiału biologicznego. Zastosowanie elektroforezy dwukierunkowej (2D-PAGE) do rozdziału oraz analizy porównawczej proteomów. Podstawy obsługi spektrometru MALDI TOF oraz analiza spektrometryczna białek. Narzędzia bioinformatyczne w identyfikacji białek.
Opis wykładówBrak
Cel kształceniaPoznanie i praktyczna umiejętność zastosowania zaawansowanych metod biotechnologii molekularnej.
Literatura podstawowa1) Sambrook J.F., Russell D.W., "Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed.", t. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, , 2001 r. 2) Słomski R. pod red., "Analiza DNA teoria i praktyka", Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2008 r., s. 1-573, 3) Ausubel F., "Short protocols in molecular biology", ISBN, 2002 r. 4) Kraj A., Silberring J., "Proteomika", Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, 2004 r. 5) Kraj A., Drabik A., Silberring J., "Proteomika i metabolomika", WUW Warszawa , 2010 r. 6) Jaroszeski M. J., Radcliff G., "Fundamentals of flow cytometry", t. 11, Molecular Biotechnology, 1999 r. , s. 37-53, 7) Bjornson Z.B., Nolan G.P., Fantl W.J., "Single-cell mass cytometry for analysis of immune system functional states", t. 25, Current Opinion in Immunology, 2013 r., s. 484–494.
Literatura uzupełniająca1) Bodzon-Kulakowska A. et al., wyd. Journal of Chromatography, "Methods for sample preparation in proteomic research", 2007r., tom 849, 1-31s.
Uwagi