Proteomika

Proteomics

2018L

Kod przedmiotu1213S2-PROT
Punkty ECTS 2
Typ zajęć Wykład
Ćwiczenia laboratoryjne
Przedmioty wprowadzającechemia nieorganiczna i analityczna, chemia organiczna, biologia komórki, biochemia, enzymologia
Wymagania wstępneznajomość podstawowych treści realizowanych w ramach przedmiotów wprowadzających, umiejetność posługiwania się pipetą automatyczną i szkłem miarowym; znajomość nazewnictwa i obsługi podstawowych urządzeń laboratoryjnych
Opis ćwiczeńEkstrakcja oraz rozdział SDS-PAGE białek rybosomowych. Analiza porównawcza proteomów roślinnych techniką elektroforezy dwukierunkowej (2DE). Analiza MS oraz bioinformatyczne narzędzia identyfikacji białek.
Opis wykładówAminokwasy, peptydy i białka. Techniki rozdziału i detekcji aminokwasów. Analiza składu i sekwencji AA białek. Biosynteza białka, modyfikacje potranslacyjne oraz kierowanie białek. Przygotowanie materiału biologicznego do badań proteomicznych (sposoby izolowania, oczyszczania i oznaczania białka). Techniki rozdziału i metody wizualizacji białek. Identyfikacja białek techniką MS (techniki jonizacji, typy analizatorów, rodzaje detekcji). Identyfikacja białek metodą PMF. Tandemowy MS (MS/MS) - sposoby identyfikacji białek na podstawie widm fragmentacyjnych.
Cel kształceniaPoznanie technik i metod biologii molekularnej pozwalających na izolowanie, oczyszczanie oraz analizę proteomu z uwzględnieniem sposobów rozdziału i identyfikacji białek.
Literatura podstawowa1) Kraj A., Drabik A, Silberring J., "Proteomika i metabolomika", Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2010 2) Dubin A. (Red.), "Wprowadzenie do chemii białek, praca zbiorowa", Seria Wydawnicza Wydziału Biotechnologii UJ Kraków, 2003
Literatura uzupełniająca1) Anderson N.G. et. al, , Back to the future the human protein index (HPI) and the agenda for post-proteomic biology, Proteomics, 2001, s. 1: 3-12 2) Cahill D.J. et al., Bridging genomics and proteomics. In: S. Pennington and M. Dunn (Eds.), BIOS Scientific Publishers, 2000, s. 1-17 3) Kersten B. et al, Largescale plant proteomics, Plant Molec. Biol., 2002, s. 48: 133 4) Samay J., Thelen J.J. , Plant Proteomics, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2007 5) Rehm H., Protein Biochemistry and Proteomics, Elsevier Academic Press, 2006, s. 155-223
Uwagi