Proteomika

Proteomics

2019L

Kod przedmiotu1213S2-PROT
Punkty ECTS 2
Typ zajęć Wykład
Ćwiczenia laboratoryjne
Przedmioty wprowadzającechemia nieorganiczna i analityczna, chemia organiczna, biologia komórki, biochemia, enzymologia
Wymagania wstępneznajomość podstawowych treści realizowanych w ramach przedmiotów wprowadzających, umiejetność posługiwania się pipetą automatyczną i szkłem miarowym; znajomość nazewnictwa i obsługi podstawowych urządzeń laboratoryjnych
Opis ćwiczeńEkstrakcja oraz rozdział SDS-PAGE białek rybosomowych. Analiza porównawcza proteomów roślinnych techniką elektroforezy dwukierunkowej (2DE). Analiza MS oraz bioinformatyczne narzędzia identyfikacji białek.
Opis wykładówAminokwasy, peptydy i białka. Techniki rozdziału i detekcji aminokwasów. Analiza składu i sekwencji AA białek. Biosynteza białka, modyfikacje potranslacyjne oraz kierowanie białek. Przygotowanie materiału biologicznego do badań proteomicznych (sposoby izolowania, oczyszczania i oznaczania białka). Techniki rozdziału i metody wizualizacji białek. Identyfikacja białek techniką MS (techniki jonizacji, typy analizatorów, rodzaje detekcji). Identyfikacja białek metodą PMF. Tandemowy MS (MS/MS) - sposoby identyfikacji białek na podstawie widm fragmentacyjnych.
Cel kształceniaPoznanie technik i metod biologii molekularnej pozwalających na izolowanie, oczyszczanie oraz analizę proteomu z uwzględnieniem sposobów rozdziału i identyfikacji białek.
Literatura podstawowa1) Kraj A., Drabik A, Silberring J., "Proteomika i metabolomika", Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2010 2) Dubin A. (Red.), "Wprowadzenie do chemii białek, praca zbiorowa", Seria Wydawnicza Wydziału Biotechnologii UJ Kraków., 2003
Literatura uzupełniająca1) Anderson N.G. et. al., Back to the future the human protein index (HPI) and the agenda for post-proteomic biology, Proteomics , 2001, s. 1: 3-12 2) Cahill D.J. et al. , Bridging genomics and proteomics. In: S. Pennington and M. Dunn (Eds.), BIOS Scientific Publishers , 2000, s. 1-17 3) Kersten B. et al., Largescale plant proteomics, Plant Molec. Biol. , 2002 , s. 48: 133 4) Samay J., Thelen J.J. , Plant Proteomics, Springer-Verlag Berlin Heidelberg , 2007 5) Rehm H., Protein Biochemistry and Proteomics, Elsevier Academic Press, 2006, s. 155-223
Uwagi